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假设第一条具有生命功能的多肽链出现在原始海洋中，其序列为A，B，C。。。（A，B，C。。。代表天然的人体所需的二十种氨基酸）。其形成的必然条件是：
（1）A，B，C。。。等具有足够的浓度，这样A，B，C分子才有可能相遇而发生反应。
（2）从氨基酸形成多肽的反应是缩聚反应，每步反应会生成一分子水，从化学平衡的原理看，反应需要脱水剂，否则水将抑制该反应。
（3）假设A与B的结合是随机的，而结合C时是选择性的，按热力学原理，这是一个熵减的反应，必须得有外界能量的输入。如果以上三个条件全部成立，那么C到底是由什么因素决定而被选择的呢？进化论者只能回答：绝对的随机。但在自然环境中，上述三个条件决不可能同时满足，这个随机过程缺乏先决条件。另外，从科学哲学的角度来看，进化论者的答案是不可能被证伪的，而且在经验世界中是不可检验的。
Behe教授在谈到这个问题时举了一个形象的例子，他认为，蛋白质绝对随机，自然地产生，就如同一个人指望把热水，鸡蛋，面粉，糖和可可粉随机放在一起就能产生一个巧克力蛋糕一样荒唐。
B。光学选择性
生物世界是一个不对称的世界，如果你注意观察过你的手，你会发现左右手在空间上无法完全重合，但左手和右手的镜像却能重合。在化学中这种现象被称之为“手性”，几乎所有的生物大分子都是手性的。比如，组成人体的糖类一般是右旋的，而构成蛋白质的氨基酸都是左旋的。而左旋的糖和右旋的氨基酸，几乎不能被人体利用。一般认为，在非手性的环境中不能产生手性化合物，而只能产生外消旋体，即等量的右旋和左旋体构成的混合物。生物世界是一个不对称的世界，如果你注意观察过你的手，你会发现左右手在空间上无法完全重合，但左手和右手的镜像却能重合。在化学中这种现象被称之为“手性”，几乎所有的生物大分子都是手性的。比如，组成人体的糖类一般是右旋的，而构成蛋白质的氨基酸都是左旋的。而左旋的糖和右旋的氨基酸，几乎不能被人体利用。一般认为，在非手性的环境中不能产生手性化合物，而只能产生外消旋体，即等量的右旋和左旋体构成的混合物。现代不对称合成化学通常采用最昂贵的手性催化剂，才能使反应按照人所期望的方向进行，得到单一的手性化合物。在MILLER的“原始汤”实验里，所有得到的氨基酸都是外消旋体。假如还用前文所举的例子A…B…C。。。序列，又是谁选择了左旋的氨基酸呢？众所周知，最简单的蛋白质是胰岛素51肽，那么由自然界随机地从二十种天然外消旋体中选择合成一个51肽，得到全部由左旋氨基酸构成，具有生物活性的胰岛素分子的几率有多大呢？简单的数学计算可以证明是（1/40）的51次方。而在实践中，其几率是零，根本就不可能发生。MILLER的实验带给进化论者的并不是福音，而是更加剧了其深刻的危机。 概率计算表明，生物进化的可能性小到了绝对不可能的程度，达尔文时代，科学正处于奠基阶段，对生命现象的认识还很肤浅。那时的人看到了家养动物的诸多杂种变异，就认为物种也能这样变成其它种，这就是进化。后来，基因的发现和深入研究，学者们才意识到如果基因不发生根本的变化，不管后代表面与祖先有什么差异，也没有进化意义。然而基因又是极其稳定的，只有不正常的“基因突变”才能使之发生改变，那么“基因突变”也就成了现代进化论的核心了。这是现代所有的进化论公认的。这里，我们就集中分析这个核心。基因的稳定性是物种保持自身稳定所必须的，同一物种不同个体的基因交流，并不能使物种变成其它物种。动植物育种专家都知道，一个物种的变化范围是有限的。最终，培育出的品种不是不育，就是又变成原来的亲本。哈佛大学的梅尔教授称之为基因体内平衡。最常见的就是狗再怎么杂交育种还是狗。
现代进化论用基因随机突变假说解释进化的根本原因。基因突变，是一种在基因复制或修复损伤等过程中的随机错误，所以又叫随机突变，本身就是一种病态现象。它发生的机率非常低，大约在万分之一到十亿分之一之间。低等原核生物的突变率较高，大约为千分之一，而高等类型的生物中，许多基因的突变率是十万分之一到一亿分之一。基因突变能否产生高级特徵（性状）呢？对基因的深入研究发现这种情况发生的几率极低。我们知道一个基因的核心是由几百到几千个硷基排列而成，四种不同的硷基按照一定规则排列，不同的排列顺序形成了非常复杂精密遗传密码。既然基因突变是随机的差错，我们就可以用简单的随机过程来分析：
我们来考虑一下这个问题：一个复杂精密的计算机程序，随意的改动一两个字符能够产生更高级的程序吗？当然不能。基因突变也是这样。差错造成的突变一般是单个硷基的变化，这种变化造成的结果往往是各种缺陷、畸形、致死，在自然条件下具有生存优势的没有发现一例。为了增加突变率用于研究，科学家们使用了各种方法增加突变的几率，制造了大量的突变体，也没发现向高等方向进化的类型。
基因突变具有随机性、低频率和不定向等，那么就可以用概率计算进化的可能性了。值得注意的是，在数学公式和模型普遍应用于生物学领域的今天，进化论者从来没有提出公式，计算基因突变机制实现进化的机率，因为任何一个合理的公式都会否定进化。
许多学者从概率上证明了现代进化论的错误，美国生物化学家Behe教授的《达尔文的黑箱》（Darwin‘sBlackBox）一书，多处从生命结构的复杂精密性否定了进化的可能。Behe以血液凝固的一系列生物化学机制为例，讲述如此复杂精密的生命现象不可能是进化出来的。其中一个蛋白（TPA）产生的几率是1/10的18次幂，至少需要100亿年才能发生。如果同时进化出和它相互作用的蛋白，几率就是1/10的36次幂……他说：“很可惜，宇宙没有时间等待”。
这里提出一个宽松的公式，根据突变机率计算进化产生新物种的概率：
P ＝（ M ·； C ·； L ·； B ·； S ）^ N
M为一个物种的某个体发生了突变（机率只有1/1000）；C为突变基因与自身其它基因在不同层次的产物上可以相容的概率（宽松估计1/100）； L表示在生存竞争中该个体能够存活，且有繁殖的机会（1/10）； B表示该突变恰好有纵向进化的意义，即是有益的的进化（事实上绝大多数突变都是有害的，这种情况至今没有发现，姑且估计为1/1000）； S表示突变基因在种群中能够稳定下来并扩大的概率（1/100）； N表示新物种出现所需要的一系列的基因的个数，因为新物种的形成需要一系列新基因的出现，假设要 10 个（幂指数 N ＝10 ，实际物种间绝对没有这么小的基因差异），那么进化出一个新物种的概率就是：
P＝（1/1000·；1/100·；1/10·；1/1000·；1/100）^ 10 = 10^…110
按照一年繁殖10代，种群个体数为1000，相应的进化所需要的时间极为宽松的计算也需要 10^106（10的96次幂）年。目前科学认为宇宙中所有基本粒子总数只有10^70个，宇宙年龄只有200亿（2×；10^10）年，进化一个新物种的时间，是宇宙的年龄的自乘10 次，足见进化是绝不可能的。生物最相近的物种也不可能只差10个基因，高等生物和低等生物基因差别上万，生物从低等到高等进化所需要的时间更是无法想象的了。
对于生命的产生，现代进化论认为也是一个自然过程，认为简单的有机物和无机物在某种特殊条件下进化成复杂的生命大分子，各种复杂的大分子进一步组合演化组合形成原始生命。读到这么多串连的“理想化”过程，读者恐怕会考虑其中的几率问题了，Fred Hoyley 曾说过：上述事情发生的可能性正如利用席卷整个废料厂的飓风来装配747喷气机一样。
现代进化论对于进化的速度问题，理论和事实自相矛盾。达尔文时代，人们还不知道基因的存在，不知道后天的外在变化，如果涉及不到基因的改变是无法遗传的，没有任何进化意义。现代进化论认定基因的变化是进化的根本原因，因为只有这种变化可以遗传、积累，而基因突变是基因变化的最主要原因。复杂的高等生物的进化决不可能是单个基因的变化实现，必须一些相关基因的协调进化才能实现，就象一个复杂的计算机程序不可能一个随机的错误变成更高级的程序一样。那么相关基因的协调变化，就使高等生物总体突变率更低。因为基因突变在宏观上是减速趋势。
分子生物学研究表明：生物从低等到高等，个体水平的基因突变率呈下降趋势。现代分子生物学已经证明：基因是生命的基础物质，是生长发育和遗传变异的基础。除了一些低等的病毒以外，基因是DNA分子构成的，DNA分子是许多硷基小分子连成的长链大分子。细胞分裂时一分为二，基因事先已经复制了一份。基因的复制能够高度地保持稳定，其间由于各种原因发生的差错，是基因突变的一种主要形式，现代进化论认为这是向高等生物进化的源泉。自然界突变的发生率是很低的。大约在万分之一到十亿分之一之间。低等原核生物的突变率较高，大约为千分之一，而高等类型的生物中，许多基因的突变率是十万分之一到一亿分之一。
基因突变本身是一种病态，所以又叫做畸变，对生物本身是十分有害的。绝大多数突变都是畸形的，自然条件下存活率很低，突变产生向更高等物种进化的迹象至今没有发现。一些学者把突变的概念拓广，把所有基因的变化，包括不同个体的基因交流都叫成突变，其实只有原来狭义的突变才有向高等生物进化的意义，举例说：孩子长得有不象父母的地方，这都叫成基因突变的话，没有进化意义可言。按进化思路推论，所有生物都在极力避免突变的发生：
（a）从原核生物到真核生物，细胞核的出现更好地保护了基因，防止损伤导致突变的发生。
（b）DNA大分子从突变无法修复的单链到可以修复的双链螺旋，再到较为高等的生物拥有两套基因组（二倍体，一般只启用一套），宏观趋势明显在降低突变发生率。
（c）绝大部份生物的基因是双链DNA分子，复杂的基因复制机制极大限度地降低了突变的发生。热力学稳定性、酶对原料的精确选择，酶对错误组分的切除，三者使错误率降低到百万分之一。
（d）DNA复制结构的精密复杂性进一步降低了突变发生率，生物越高等，基因系统的结构越复杂，所以突变率更低。
（e）针对DNA损伤的突变修复机制，进一步减少了突变的发生
（f）近来又发现在某些DNA损伤处可以较高比例地合成正确DNA，这类结构，高等生物也比低等生物复杂。
由此进化论者必然得出结论：宏观上，物种的进化呈 “减速进�