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国务院专利行政部门对发明专利申请进行实质审查后，认为不符合本法规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对其申请进行修改；无正当理由逾期不答复的，该申请即被视为撤回。
本条规定实质审查后对不符合规定的发明专利申请进行处理的方式。
在实质审查的过程中，如果国家知识产权局认为一项发明专利申请不符合专利法和专利法实施细则的有关规定，不能在现有申请文本的基础上授予专利权，必须给申请人一个进行修改、陈述意见的机会。通常，国家知识产权局以审查意见通知书的形式，将审查的意见和初步结论通知申请人。审查意见通知书要指定—个答复期限，申请人逾期不答复的，其专利申请便被视为撤回。关于期限的指定，在专利法、实施细则或者审查指南中有明确规定的情况下，按照规定予以指定；在没有明确规定的情况下，由审查员考虑具体情况及各种因素后予以指定。
根据发明专利申请的不同，审查实践中有可能出现下列几种情况：
（1） 申请具有被授予专利权的前景，但还存在某些缺陷，需要修改完善。这种情况下，国家知识产权局的审查意见通知书会尽量指出申请中存在的所有问题，在某些情况下还会提出具体的修改建议，以加快审查程序；
（2） 申请中记载的发明具有授予专利权的可能，但申请文件还存在比较严重的缺陷，需要作实质性的修改，例如对权利要求书的内容作较大的调整。此时，国家知识产权局的审查意见通知书也会明确指出存在的缺陷及其理由，提出修改的要求；
（3） 申请没有授予专利权的可能，应当予以驳回。此时，国家知识产权局的审查意见通知书会指出为什么不具备授权可能性的理由，给申请人一次陈述其意见的机会，但一般不会要求申请人对其申请文件进行修改；
（4） 经过检索后发现申请缺乏单一性，或者经过检索后发现独立权利要求不具备专利性，从而导致申请缺乏单一性的，国家知识产权局的审查意见通知书会要求申请人对申请作出限制性修改，使之符合单一性要求；
申请人接到国家知识产权局的审查意见通知书后，可以有以下几种选择：
（1） 申请人同意国家知识产权局的审查意见，按照审查意见通知书的要求对其申请文件进行修改，使之符合专利法和实施细则的规定。此后，国家知识产权局一般便可批准修改后的申请；
（2） 申请人对国家知识产权局指出的缺陷表示同意，也同意进行修改，但不采纳或不完全采纳国家知识产权局的修改建议，而是根据自己的意愿进行修改。如果国家知识产权局同意申请人的修改，可以批准修改后的申请；如果不同意，可以再次发出审查意见通知书，要求申请人再次修改其申请。这一过程原则上可以进行多次。直到国家知识产权局接受申请人的修改或者驳回该申请为止；
（3） 申请人不同意国家知识产权局提出的审查意见，认为其申请不存在审查意见通知书中指出的缺陷。这种情况下，申请人可以提出相反的意见，并说明理由。如果国家知识产权局接受申请人的意见，其申请可以得到批准；如果国家知识产权局不同意申请人的意见。则将再次发出审查意见通知书，重申原来的意见，或者作出驳回该发明专利申请的决定；
（4） 申请人同意国家知识产权局认为其申请不具有授予专利权的可能，应当予以驳回的审查意见，不再陈述意见，待指定期限届满，该申请即被视为撤回。
上述过程是申请人与国家知识产权局之间进行对话，使专利申请符合专利法及其实施细则规定的各项规定的过程。从各个申请人获得专利权的角度出发，实质审查过程不能过于粗糙，应当为申请人提供尽可能多的修改其申请文件的机会；从国家知识产权局审查工作的整体效率出发，实质审查过程也不能过长。这两个方面之间应当有一个合理的平衡。自1985年实施专利法以来，国家知识产权局受理的专利申请量逐年迅速增长，这给国家知识产权局的审查工作带来了很大的压力，尤其是发明专利申请的审查出现了一定的积压。在第二次修改专利法的过程中，希望国家知识产权局加快审查、消除积压，是公众反映最为集中的问题之一。要想提高效率，加快审查，国家知识产权局和申请人应当采取一种积极和配合的态度。国家知识产权局发出审查意见通知书，尤其是第一次审查意见通知书时，应当尽可能全面地指出申请文件中存在的所有缺陷和问题。申请文件需要修改的，应当让申请人明确得知审查员所希望的修改方向。这样，就可以避免不得已而多次发出审查意见通知书的情况。每减少一次审查意见通知书，就能够节约至少3个月以上的时间。申请人在答复审查意见通知书， 修改其专利申请文件的时候，要全面地领会国家知识产权局发出的审查意见，在符合其总体需要的情况下，尽可能接受审查员的意见， 避免在细节问题上纠缠。这样，也能有效地加快审查的进程。申请人应当意识到，配合国家知识产权局的审查工作，使其审查工作效率得到提高，从总体上说也符合其自身利益。
此外，还有两点需要说明：
第一，对于专利申请的修改，尤其是对说明书和权利要求书的修改，国家知识产权局可以明确提出修改的要求，也可以提出具体的修改建议，但是在一般情况下不能替代申请人对申请文件进行修改，因为对申请文件进行修改的权利属于申请人，最终还是应当由申请人自己决定是否需要修改和如何修改。当然，对于申请文件中明显的文字和符号错误，审查员可以依职权进行修改，但必须通知申请人。
第二，申请人不愿在指定期限内答复，可能是认为申请没有授权的希望，或者认为经过修改后该申请的意义已经不大，所以想放弃申请。所以，专利法规定申请人逾期不答复的，其申请被视为撤回。如果申请人确实由于不可抗拒的事由或有正当的理由而耽误指定的答复期限，造成申请被视为撤回的，可以按照有关规定请求恢复其权利。另外，如果申请人认为国家知识产权局指定的答复期限太短，无法按期进行答复的，可以在期限届满前说明理由，请求延长。
在发明专利申请的审查程序中，本条规定具有重要的意义，这体现在：
第一，为发明专利的申请人提供了纠正自身失误或偏差的机会。申请人对申请文件的撰写及对有关技术或法律问题的理解难免出现一些失误和偏差，而这些失误和偏差会影响申请的顺利授权，国家知识产权局指出申请中的问题，可以帮助申请人纠正其失误或偏差，使其申请文件符合专利法及其实施细则的规定，最终获得专利权。
第二，有利于国家知识产权局作出正确的审查决定，保证审查质量。事实求是地讲，国家知识产权局的审查意见也并非总是正确的，审查员对申请的理解有时也会出现偏差。经过与申请人交换意见，审查员就有机会纠正自己的错误，从而确保最终作出正确的决定。
第三，有利于简化有关手续和程序。通过国家知识产权局与申请人之间的对话交流，使申请人充分了解其申请的授权前景、理解国家知识产权局的有关处理决定，避免一些不必要的后续程序。例如对于倾向于驳回发明专利申请的审查意见，如果申请人了解到国家知识产权局所依据的事实和理由，明白自己的申请确实不能被授予专利权，就会采取不再陈述意见的方式使其申请视为撤回，无需再进行后继程序。这样的结果无论对申请人还是对国家知识产权局都有好处。
第四，体现了行政公开的原则。国家知识产权局代表国家对一项专利申请作出驳回决定之前，向申请人说明理由，给予申请人陈述意见的机会，这体现了现代行政法治的特点。
总之，从尊重申请人权利、保证审查质量等角度出发，本条规定都是必不可少的。
第三十八条
发明专利申请经申请人陈述意见或者进行修改后，国务院专利行政部门仍然认为不符合本法规定的，应当予以驳回。
本条规定对发明专利申请的驳回。
根据本条的规定，经过实质审查，在申请人陈述意见或者对申请文件进行修改后，国家知识产权局认为该专利申请仍不符合专利法规定的，应当作出驳回该申请的决定。
上面说过，申请人在实质审查过程中有陈述意见和对其申请文件进行修改的机会。这样的机会可能有多次，但是不可能无限制地进行下去。实质审查必须有终止的时候，驳回决定就是国家知识产权局宣告实质审查告一段落的文件。
驳回是对一份发明专利申请能否获得专利权的完全否定，对于申请人而言关系重大。 因此，国家知识产权局在作出驳回决定之前，必须将其认定发明专利申请经实质审查不合格的事实、理由和法律依据告知申请人，并给申请人至少一次陈述意见或进行修改的机会。只有当申请人在指定期限内不能提出使国家知识产权局信服的证据和理由，也未能将其申请修改得符合专利法的要求，该申请才能被驳回。有人将其称为“听证原则”，它是专利审查程序的一个十分重要的原则，对保障申请人的合法权益有非常重要的意义。国家知识产权局发出的驳回决定如果违反了这一原则，即使其审查意见和结论本身是正确的，在复审和随后的司法程序中也将被认为是严重的程序错误而导致撤销该驳回决定。
原专利法实施细则第五十三条规定了在实质性审查中驳回发明专利申请的法律依据。该条的规定是否是穷尽性的？从原专利法实施细则第五十三条的条文中无法得出清楚的结论，因此造成了一定的意见分歧。一些人认为原专利法实施细则第五十三条的规定是穷尽性的；另一些人则认为即使不属于该条列出的驳回理由，也可以直接依据本条规定予以驳回。这种意见分歧导致了审查标准的不相一致，引起了申请人的不满。应当认为，后一种观点是不够妥当的， 因为假若如此，就没有必要在专利法实施细则中制定该条规定。为了消除上述意见分歧。根据专利法实施细则的规定，驳回一项发明专利申请的理由包括：
（1） 发明专利申请的主题不是专利法所称的发明；
（2） 发明专利申请的主题违反国家法律、社会公德或者妨害公共利益；
（3） 发明专利申请的主题属于不授予专利权的范围，例如科学发现、智力活动的规则和方法、疾病的诊断和治疗方法、动物和植物品种或是用原子核变换方法获得的物质等；
（4） 发明专利申请的主题缺乏新颖性、创造性或者实用性；
（5） 发明专利申请的主题不符合单一性的规定；
（6） 同一发明主题有两个以上提出专利申请时，申请人不是最先申请的人；
（7） 说明书没有对发明作出清楚、完整的说明，所属领域的技术人员不能实现该发明；
（8） 权利要求书得不到说明书支持；
（9） 权利要求的内容不清楚、不简明；
（10） 独立权利要求没有记载解决发明所要解决的技术问题的必要技术特征；
（11） 对发明专利申请的修改或者分案的申请超出原说明书和权利要求书记载的范围。
需要注意的是：上述情形中，个别的只是在�