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第二，根据本款的规定，管理专利工作的部门对专利侵权纠纷的处理包括以下职能：一是应当事人的请求，对专利侵权纠纷进行处理，认定侵权行为成立的，责令侵权人立即停止侵权行为。这是具体行政行为，当事人不服的，可以依法提起行政诉讼。侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。二是在行政处理的过程中，应当事人的请求，就专利侵权的赔偿额进行调解。这是一种居间行为，不具有约束力，调解不成的，当事人可以依法提起民事诉讼。 原专利法第六十条规定，专利管理机关处理的时候，有权责令侵权人停止侵权行为，并赔偿损失。与原来的条文相比，现行条文一方面为管理专利工作的部门责令停止侵权行为的职能增加了“立即”二字，加大了专利行政保护的力度，这是采纳上述后一种观点中合理成分的结果；另一方面取消了管理专利工作的部门责令侵权人赔偿损失的职能，代之以进行调解，这是采纳上述前一种观点中合理成分的结果。
第三，按照行政诉讼法第三十九条的规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起行政诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起的3个月内提出。本款规定，当事人对责令立即停止侵权行为的行政处理不服的，可以自收到处理通知之日起15日内向人民法院起诉。这是对行政诉讼的诉讼时效的一个特殊规定，其原因在于许多人认为3个月的起诉期限对于专利保护来说显得太长，一些侵权者往往利用这段时间转移侵权产品或者其制造设备，为以后执行法院的判断带来困难，不利于有效保护专利权人的台法权利。
第四，本条所述的管理专利工作的部门，是指一定级别的地方人民政府设立的管理专利工作的部门。考虑到专利违法行为比较复杂，既涉及法律规定，又涉及技术背景，要求专利行政执法队伍具有较高的业务水平和较强的执法能力，为了保证专利行政执法的质量，专利法修正案草案曾经在专利法第五十七条、第五十八条、第五十九条规定中规定专利行政执法的主体为“省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门”，从而将专利行政执法的主体限定在省级人民政府设立的管理专利工作的部门。在人大常委会对草案进行审议的过程中，许多人认为对侵犯专利权纠纷的处理以及对假冒、冒充专利行为的行政处罚，也可以由一些专利管理工作量大，又有实际处理能力的设区的市予以实施。根据上述意见，在法律委员会的建议下，专利法最后规定专利行政执法的主体为“管理专利工作的部门”。依据人大常委会的立法意图，在第二次修改专利法实施细则时，将原来的第七十六条的规定改为“专利法和本细则所称管理专利工作的部门，是指由省、自治区、直辖市人民攻府以及专利管理工作量大、又有实际处理能力的设区的市人民政府设立的管理专利工作的部门”。
保留对专利权的行政保护途径还有更深层次上的理由。知识产权具有财产权的性质，但是它与一般的财产权相比有不同的特点。一般的有形财产只能为特定的人占有，非甲即乙，不可能同时为许多人占有。因此，非法侵占他人私人财产的纠纷一般只涉及当事人之间的利益，不会涉及社会及公众的利益（当然以抢劫等影响社会秩序的方式侵夺他人财产的行为除外）。知识产权的客体是智力活动的成果，例如发明创造、作品等等，从理论上说可以为无数人同时使用，其应用范围远比上述一般有形财产更为广泛。我国国民的法制意识还不够强，加之建立知识产权保护制度的时间还很短，尊重他人知识产权的意识更是薄弱，侵犯他人知识产权的现象还相当严重。这不仅损害了权利人的利益，同时也影响了国家的正常社会秩序和经济秩序，损害了吸引外资投资和引进技术的法律环境。在这样的情况下，仅仅依靠司法机关对知识产权侵权纠纷以民事案件方式进行审理，还不足以有效地保护知识产权权利人的利益。从维护国家和公众利益的角度出发，有必要发挥国家政府机关行政管理的作用。 TRIPS协议承认知识产权是一种私权，但同时也并没有排除对知识产权采取行政保护措施的可能性。该协议将原关贸总协定的贸易争端解决机制引入知识产权保护，规定对不尊重成员国知识产权的国家可以进行贸易报复。在进行报复的情况下，受到报复的是一个国家，因而也就是该国家的社会公众，而不仅仅是具体当事人，这就将知识产权的保护提高到了维护国家利益的高度，远远超出了对一般民事侵权纠纷的立场。
二、关于举证责任的规定
本条第二款涉及到特定情况下的举证责任问题。
1。 新产品制造方法的举证责任
本款首先规定了涉及新产品制造方法的发明专利侵权纠纷的举证责任倒置，即对于涉及一项新产品制造方法的发明专利来说，在发生专利侵权纠纷时，制造相同产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证据。如果不能证明其产品是采用不同方法制造的，执法机关可以推定该产品是使用专利方法制造的。
“谁主张，谁举证”是民事诉讼的基本原则之一。我国民事诉讼法第六十四条规定：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据”。根据本条规定，在专利侵权纠纷中，提出指控的专利权人或者利害关系人应当首先承担举证责任，提供证据证明：第一，自己拥有什么样的专利权以及该专利权的权利状况；第二，被控侵权人何时何地进行了何种行为；第三，被控侵权人实施了其专利产品或者其专利方法，即实施行为的客体落人其专利权的保护范围之内。
但是，当专利侵权纠纷涉及一项产品制造方法专利时，由于制造方法只有在产品的制造过程中使用，要求权利人进入生产现场进行调查，取得被控侵权人使用了专利方法的证据是比较困难的。为了更为有效地保护专利权，本条对涉及新产品制造方法的发明专利作出了举证责任倒置的规定。
TRIPS 协议第34条规定， 如果专利的内容系获得产品的方法，司法当局应有权责令被告证明其获得相同产品的方法不同于该专利方法。 成员应当规定，至少在下列情况之一中，如无相反证据，则未经专利所有人许可而制造的任何相同产品，均应视为使用该专利方法而获得：（a）如果使用该专利方法而获得的产品系新产品；（b）如果该相同产品有相当大可能是使用该专利方法所制造，而专利所有人经合理努力仍未能确定其确实使用了该专利方法。我国专利法采用了TRIPS协议给出的方案（a）。
关于举证责任转移的规定，在专利法的两次修改中都作了修改。
1984年制定的专利法第六十条第二款规定，在发生侵权纠纷时候，如果发明专利是一项产品的制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法的证明。然而，对于一项制造方法专利权来说，在任何情况下都要求被告承担举证责任也是不尽合理的。产品制造方法可以是新产品的制造方法，也可以是已知产品的制造方法。如果生产的产品是过去已知的产品，自然也就存在相应的制造方法。仅仅因为某人发明了一种新的制造方法，就要求生产已知产品的人在发生纠纷时不得不首先承担举证责任，显得不够合理。 考虑到这一因素，借鉴当时已经基本定型的TRIPS协议草案的规定，1992年第一次修改专利法时，在本项所述“产品”二字前增加了一“新”字。虽然仅仅增加了一个字，却大大限制了举证责任倒置的范围。这样，第一次修改后的专利法一方面将制造方法专利权的保护扩大到由该方法所直接获得的产品，从而大大增强了对方法专利权的保护力度；另一方面缩小了举证责任倒置的范围，使之更加合理，两者是一种法律上的平衡。
第一次修改后的规定还存在不够完善之处，这就是规定制造同样产品的单位或者个人应当提供的仅仅是“其产品制造方法的证明。”实践表明，仅要求被告提供“其制造方法的证明”，有时不能清楚表明被告实施的方法与专利方法之间的异同，不利于人民法院或者管理专利工作的部门认定是否构成侵犯方法专利权的行为，不利于达到规定举证责任倒置的立法目的。因此，专利法的第二次修改将其修改为：“制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明” 。修改后的条文克服了上述缺陷，同时与TRIPS协议的规定更加一致。
应当注意的是，本条规定举证责任倒置的原则，并不意味着当发生侵权纠纷时，制造方法专利权的专利权人只需要提出被告侵犯了其专利权的主张，就可以从此以逸待劳，坐等被告提供证据。专利法规定的举证责任倒置只是在特定情况下的例外，它是有条件的。若要让被告承担举证责任，一项制造方法专利权的专利权人在诉讼开始时需要提供证据证明：第一，被告制造、销售、使用或进口的产品与采用专利方法所直接获得的产品相同；第二，这种产品是新的。此后，才能由法院责令被告进行举证。
关于“新产品”的含义， TRIPS协议没有作进一步的规定，我国专利法和实施细则也没有作进一步的解释。我们认为，所谓“新的”不同于专利法所规定的“新颖性”，只要所涉及的产品在专利申请日之前是本国市场上未曾见过的，就可以认为是新产品，从而将举证责任转移到被告一方。
然而，要求原告证明所涉及的产品在国内市场上未曾出现过也是相当困难的。要证明产品曾经出现过，只需举出一个证据即可；要证明产品没有出现过，则是无边无际的事情，除了断言之外，很难想象原告如何举证。因此，一种观点认为在判断所涉及产品是否为一种新产品时，可以要求被告举出反证，也就是只要被告能够证明该产品曾经在国内市场上出现过，则不适用本款关于举证责任倒置的规定。这种作法相当于在所涉及产品是否为“新产品”的问题上也实行举证责任倒置，有超出本款规定之嫌。但是从可操作性的角度出发，舍此似乎又别无良策。这是专利法中的一个难题。从这一点出发， 采用TRIPS协议第34条规定的方案（b）似乎更好一些。方案（a）和方案（b）都是对举证责任倒置的适用作出一定限制，方案（b）的限制是“相同产品有相当大可能是使用该专利方法所制造，然而专利权人经合理努力仍未能确定被告确实使用了其专利方法“。对于这样的要求，专利权人比较容易举证，法院也比较容易判断，可以避免首先在确定举证责任倒置问题上就产生很大的争议，使侵权诉讼陷于难于顺利进行下去的境地。
2。 实用新型专利权人的特别举证责任
本条第二款还规定了实用新型专利权人的特别举证责任，即对于实用新型专利，执法机关可要求专利权人出具国家知识产权局作出的检索报告，作为其权利成立的初步证据。
在诉讼中由权利