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穆勒不得不说的正规逻辑大部分被他的不歧视方式搞糟了，他出尔反尔，用有双重含义的归纳这个术语，有时候把它当做因果证明的逻辑论证形式，有时候又把它当做把因果关系一般化进行巩固和证实的非论证方法——用我们的话引用——后一种做法结果和发现新的因果关系规律问题混了起来。
②但是，虽然穆勒常常把思想的渊源和它们的逻辑保障问题缠在一起，在他那里，逻辑的理论还是基本上变成同估价证据相连的科学方法分析，对于他的书最好是理解成论模式或方法的著作，而不是研究在20世纪意义上的符号逻辑。有两件事使科学哲学家们很好地记得穆勒，第一是他对归纳准则的做法，他解释之为一套非论证的证实规则——这就是一致、差异、剩余和伴随变化四种方法；第二是他对因果关系的分析，在每一个因果解释中他都用自然一致性原理做为大前提，企图解决休谟的“归纳问题”。至今穆勒的四种方法有时还被人们当做对经验研究逻辑设计的粗糙的草图提起；但是，现在只有当人们要表明对休谟关于不可能有归纳的必然性证明吹毛求疵是多么困难时，人们才讨论穆勒的因果关系分析方法。①
穆勒在把他的四种方法发展为帮助发现因果规律的方法和人们普遍认可的证明的方法之后，在《逻辑》中的最后一部分他就转到了社会科学，在这里他坦率地承认了四种方法不适用。它们不适用是因为有众多的因素在起作用，各不相关的结果互相混在一起，以及不可能进行有控制的实验。因此，他对社会科学提出了替代的方法，（1）“几何学的或抽象的方法”，（2）“物理的或具体的推理方法”和（3）“历史的或倒推的方法。”据说第一种方法应该限制使用，只有在由一个原因引出所有结果的情况下才能运用。第三种是追随奥古斯特·孔德的方法，它所关心的是建立历史变化的真正规律，其基础是人的某种本质的普遍原理。据说可以被政治经济学当做样板的是第二种即物理的或具体的推理方法。我们还被告知，这还是天文学中使用的方法，通过使用这种方法和借助于上述四种方法，第一次得出了分离因素添加作用规律，在这之后，从那些规律中做出的推理对于经验观察就是得到证实的依据（见穆勒，1973年，第895—6页）。论述到这里，穆勒插入了从他1836年论文中摘下的论经济人的一页，这一页我们前面已经摘录，然后就继续讨论政治特性学。这门学科尚未诞生，但是已对形成有民族特征的推理科学做出预告，他天真地相信这门科学将成为所有社会科学的基础。
在穆勒的《逻辑》中的最后部分还有：勇敢地为方法论的一元论辩护；坚定地坚持方法论的个人主义原理；坚持实证的而不是规范的分析是科学甚至是社会科学的钥匙。但是穆勒在用了成百页去赞美归纳方法之后又突然支持演绎的方法，更不用说事实上最后一部分的讨论绝大部分都是关于当时还年幼的社会学，而当时只是在已经成熟的经济学中才偶然接触到这种科学，这就成心使读者对穆勒关于社会科学哲学的最终观点完全混乱。
在完成《逻辑体系》5年之后，穆勒出版了他的可称为权威的《政治经济学原理》，这本著作既不包含对方法论的明白的讨论，也没有回顾《逻辑》以表明《原理》是运用坚实的方法论的榜样。最令人惊奇不过的是，那些攻击穆勒的逻辑观点的人竟没有企图去看看穆勒在经济学中是否实践了他从总体上为科学所宣扬的东西。威廉·韦威尔和斯坦利·杰文斯都支持科学解释的假说——推理模式，直接反对穆勒：韦威尔对穆勒的《逻辑》写了一篇很长的回答，企图通过科学史探讨科学发现的哲学，他是从康德而不是从休谟那里得到鼓舞（见洛西，1972年，第120—8页）；杰文斯在他自己的主要是贡献给科学哲学的《科学的原理：一篇关于逻辑和科学方法的论文》（1873）中不断地批评“穆勒在逻辑科学中的革新、特别是他的论证教条是从众多的特别到一个特别”，还说归纳并不是一种逻辑推理，而只不过是“假说和经验的结合”（见哈雷，1967年，第289—90页，米达沃，1967年，第149页脚注；洛西，1972年，第158页；和麦克莱南，1972年）。但是他们俩都没有把他们反对穆勒的《逻辑》的争论同穆勒的《原理》联系起来，尽管在事实上韦威尔是把李嘉图经济学数学化的先驱，而杰文斯当然是边际主义的三个创始人之一，并且象反对穆勒在逻辑中的影响一样坚定地反对穆勒在经济学中的影响。
人们对待穆勒的两部著作就象它们的作者是两个不同的人一样，对于这种奇怪现象的一种解释是，无论是批评家还是穆勒自己都没有看到《逻辑》和《原理》之间有任何联系； 对于任何实用的目的来说，他们正象是由两位不同的作者写的一样。就象加科普·威纳尔（威纳尔，1958年，第329页）曾经说过的：“《原理》没有单一的方法论特点。
亚当·斯密的《国富论》也是这样，有的部分是抽象的和演绎的东西占统治地位；在其他部分中基本是采用事实资料和从历史中推理的措施。”
五、事实上的穆勒的经济学
现在让我们花一点时间来看看穆勒通过检验他的抽象的、假定的李嘉图前提在事实上做了些什么。李嘉图遗赠给他的追随者们（在1815、1817和1819年）的教条产生了许多可检验的命题——谷物价格的上涨、国民收入中租金部分的增加、一个不变的实际工资水平和资本利润率的下降——
这些命题又依赖于其他因素，特别是人口以至少和食物增长一样快的速度增长。更甚者，假如当时的英国没有自由地进口谷物，那么这些命题都是肯定的而不是假定的预告，因为李嘉图大胆地否定了相反作用的力量能够消除这些预言，除非“暂时”出现这种现象（见布劳格，1973年第31—3页）。
谷物法直到1846年才废除，并且，19世纪30年代和40年代的可用的统计证据都证明了李嘉图的每一个预言都是错的。
举例说，英国农业收入的递减被技术进步所抵销，其证据是麦子价格从1818年的高水平稳步下降；从李嘉图去世的1823年到穆勒的《原理》问世的1848年的25年间，不管是每英亩的租金还是租金在国民收入中的份额大概都没有上升；在那段时期里实际工资当然是增长了；在英国从1815年至1848年人口的增长比从1793年至1815年的人口增长慢得多。除了关于租金这一点可能有例外之外，所有这些事实在穆勒的《原理》中都认识到了，然而《原理》还是无条件地保留了李嘉图体系。穆勒做为李嘉图经济学的忠实维护者，最主要地不是由于他忽视了李嘉图的理论和事实之间的差距，而是由于他接受了各种各样的“免疫战略”，其中最主要的一个战略是，一旦在假设其他不变的条件中可能包含有什么特定内容，他就把这些内容抛掉。
回顾李嘉图自己对待时间期限的模糊态度，我们就会看到更多的困难。时间期限是李嘉图体系中基本的长期作用力所要求的，他断言长期作用力支配了特定的短期的、相反作用的影响。据说农业历史地受到收入递减规律的支配，因为技术进步只可望能延缓生产食物上升成本的影响，而不能永远地克服肥沃土地的稀缺；李嘉图甚至进一步认为地主没有在食物生产中引进技术改良的个人刺激力。类似地，李嘉图承认工人会及时地比消费农产品更多地消费工业品，在这种情况下，上升的生产食物成本不一定会导至实际工资的上升和抑制利润。最后，工人可能也会开始进行“道德限制”，允许资本积累率快于人口增长率，这会再次突破已经固定下来的“静态”。但所有这些只不过是现实主义的让步：李嘉图没有理论来解释技术进步、一般工人家计开支中的构成变化以及控制家庭规模的安排。然而，说李嘉图的趋向论述指的是有条件的预言，可以用事件进程可信地对这种预言进行证伪，这也许是公平的。
另一方面，李嘉图清楚地认为他的理论对立法者有实际的帮助，因为从可见的将来看，各种暂时的调整不会事实上对正在起作用的基本力量产生相反的作用。在一定的压力下，他以25年这样的“短期”来考察他所假定的因素的长期影响（见德马切，1970年，第255—6，263页），然而这并不是说他赞成要等25年来看看他的理论是否正确。李嘉图的方法的整个宗旨是和证实的方法、至少是和我们所指的证实的方法相反的，我们的证实是指要用证据来检验一个理论是否站得住脚，而不是简单地等着看看在我们的考虑中是否漏掉了一些有影响的情况（见奥布赖恩，1975年，第69—70页）。
确实有人说“J．S．穆勒的方法论立场和李嘉图的并没有什么差别：穆勒只不过坚定地阐明了李嘉图含蓄地接受的‘法则’”（见德马切，1970年，第266页）。就象我们已经看到的，穆勒是一个证实主义者，而不是一个预言家：检验社会科学中的一个理论不是看它事前预言的正确性，而是看它事后解释的能力——穆勒并不是对称论题的信仰者。如果一个理论不能正确地做出预言，穆勒会说，应该研究足够的补充因素以弥合事实和这个理论所奠定的因果前提之间的差距，因为不管在什么情况下，只要这个理论能以它的真实的假设条件的本质进行，这个理论就是正确的。足以肯定的是，在《原理》中我们可以看到穆勒的这种态度在起作用。当这本书出版的时候，李嘉图已经去世了25年了，而且在此之前两年谷物法也终于废除了；在后来的23年中，穆勒完成《原理》多至6版，随着再版的增加，要否定实际上李嘉图的每一个历史预言都遭到了反驳就变得越来越困难，因为他的预言都好象是以没有自由贸易为条件的了（见布劳格，1973年，第179—82页）。特别是马尔萨斯的人口理论现在极明显地和证据相矛盾，这是当时大多数的经济学家都接受的事实（见布劳格，1973年，第111—20页）。但是，在穆勒的社会哲学中，马尔萨斯困难隐隐地显得更大，而穆勒有点象是把它做为比较静态的命题保留在《原理》中——如果人口少了，工资将提高——与此同时又承认人口超过生活手段的趋势事实上并没有自己呈现出来（见德马切，1970年，第267—71页）。类似地，穆勒对李嘉图教条也做了同样的歪曲，说保护将提高谷物的价格和提高归给地主的租金份额（见布劳格，1973年，第181—2，208页），这就使得把谷物法的取消做为检验李嘉图体系的实验实际上变得不可能。
甚至是那些最同情穆勒的经济学的人也同意，穆勒是一个半心半意的证实主义者。①在承认随着时间的推移，李嘉图的理论越来越离题之后，真正的问题是穆勒是否应该承认李嘉图的理论不仅仅是离题的，而且是无效的。在《原理》的1848—1