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上帝以完美永恒的方式创造世间万物的观念，不断受到新发现、新思想的质疑。如何解释已经灭绝的物种？如果它们是完美的，为什么会消失呢？如何解释探险家在非洲、美洲和澳大利亚发现的新植物、新动物？这些《圣经》都没有提到。是否上帝在各大洲的创造活动都不尽相同？少数学者注意到，农夫和牲畜饲养者是那样轻而易举地培育出新品种的水果、鲜花和家禽。他们认识到，物种是流动的、不断变化的；不是固定的、一成不变的。达尔文的祖父——伊拉兹马斯，很早就洞见到这一点。法国动物学家。哲学家吉恩…巴梯斯特·拉马克（Jean…BaptisteLamark，1774－1829）认为，物种通过不断的变化适应周围的环境，但是拉马克没有令人信服地说明，这些变化是如何进行的。
早在爱丁堡学习期间，查尔斯·达尔文就接触过祖父和拉马克的理论，但似乎这些对他的影响不是很大。在自己的学术生涯中，达尔文一直坚持祖父伊拉兹马斯的著作对他毫无影响，这显然不能令人完全信服，学者们至今仍在研究祖孙俩思想之间的联系。少年达尔文绝不是一个进化论者。他在自传中写道，即使在十九世纪二十年代，他仍然相信“《圣经》中每一个字所传达的死板的，不折不扣的真理”。年轻的达尔文还没有开始考虑地球上所有生命的壮美画卷，只是为她的一些细枝末节兴奋不已。
在大学博物学展览馆，达尔文每次观察鸟类标本，都达数小时之久。有时他花费大量的时间到悬崖、山川游玩，攀附在岩石上力图鸟瞰本地的全貌。或者和普利尼学会的朋友们一起到海滩上散步，等到海水退到远处之后，在沙滩上挖取海绵、海笔和其它一些从深海中冲刷上来的小生物。达尔文有时陪伴渔民用拖网渔船捞取牡蛎，蹲坐在光滑的甲板上，仔细观察渔民们捕捞到海参时发出的欢呼。1827年3月，达尔文自豪地向普利尼学会报告了数个关于海上微生物结构的发现。
1827年夏天，达尔文外出旅游，放松身心。初游伦敦，他的印象是——“浓烟滚滚的恐怖荒野”。与舅舅乔赛亚·韦奇伍德二世，表姐爱玛（Emma）、范妮（Fanny）一起，达尔文第一次，也是一生中唯—一次漫游欧洲大陆，在巴黎度过了几个星期。但是医学院已经使他厌倦，学业也不是很好，对未来的困惑始终沉沉地压在他的心头。罗伯特医生意识到，儿子决不想做一名医生，但无论如何将来在社会上这孩子应该有一席之地。罗伯特医生知道，英国国教（又叫圣公会）为牧师提供了一种安稳、令人尊敬的生活方式。虽然他并不相信宗教，仍然决定让查尔斯进人教会。
“考虑到教会对我的猛烈攻击，”达尔文晚年回忆道，“我一度打算成为一名牧师的想法是多么荒谬可笑。”在十九世纪五十年代，达尔文发现自己与教会格格不人、处处不合。但在1827年，他高高兴兴地接受了父亲的新安排。达尔文非常清楚，自己没有强烈的宗教情感，然而乡村牧师悠闲自在的生活，将为他提供相当多的闲暇，来发展他在博物学方面的兴趣。实际上，自然科学当时还没有确立自己的席位而成为一门专业，仅仅通过科学研究谋生几乎是不可能的，所以许多杰出的博物学家同时又都是牧师。
在成为真正的牧师兼博物学家之前，达尔文需要接受更多的教育。在剑桥基督学院注册后，达尔文沮丧地发现，由于在施鲁斯伯里中学对希腊语和拉丁语知之甚少，为重新温习关于这两门语言的知识，他不得不雇请一位家庭教师。考试也令他心力交瘁，每一门考试都是一次新的痛苦，尽管通过狂热的学习达尔文全线通过。
剑桥给每一位钱包鼓鼓、乐于交际的年轻人提供了丰富多彩的社交生活。达尔文很快与一群酷爱骑马、打猎的年轻人——他称做“体育爱好者”——打成一片。他后来深情回顾了当年活泼有趣的宴会，“到处是欢歌笑语，然后便兴致勃勃地打牌”。他不好意思地写道：“我知道，自己应当为这样度过的日日夜夜感到羞愧，但是那么多兴味盎然的朋友，而且我们总是兴高采烈，这使我在回忆这些时光时总是难抑内心的欢乐。”
阿尔伯特·韦（AlbertWay），达尔文和表弟威廉·达尔文·福克斯的一个甲壳虫捕捉爱好者朋友，绘制了这幅达尔文“捕捉甲壳虫”的草图。
苦读和狂欢并不是达尔文生活的全部。他对博物学的兴趣有了新的焦点——甲虫。与同在基督学院读书的表弟威廉·达尔文·福克斯（WilliamDarwinFox）一起，达尔文痴迷地捕捉甲虫，两人称这是“甲虫行动”。达尔文竭尽全力获取新的品种。为了从河船底部搜集水生甲虫，他专门雇用了一名当地工人。当得知此人收受贿赂，把最好的品种转交给收集竞争者时，达尔文怒不可遏，立即将其解雇。
在一次捕获甲虫的远游中，达尔文发现了两只稀有甲虫，急忙一只手抓住一只。不久，他又发现了第三只。为了不让其中任何一只逃走，情急之下，达尔文将右手的甲虫塞到嘴中，以便能够捉到新的品种。未曾想，嘴中的甲虫喷出一股令人恶心的苦涩液体。达尔文大惊失色，赶紧把它吐了出来。手忙脚乱中，竟然把第三只甲虫也给丢掉了。还有一次出游时，达尔文捕获了一只甲虫，想不到它竟然是一个新品种。这只甲虫给他带来了好运，一份科学杂志盛赞达尔文首次捕获这类著名昆虫。多年以后，举世闻名的达尔文仍然认为，这个微不足道的小小成就，是“我一生中最骄傲的时刻”。
在剑桥时，达尔文结识了两位富有影响的科学家：植物学家约翰·史蒂文斯·亨斯洛（JohnStevensHenslow）和地质学家亚当·塞治威克（AdamSedgwiCk）。亨斯洛传授给达尔文许多关于植物和昆虫的知识。两个人花费大量时间在乡间散步，以致达尔文被别人称为“陪亨斯洛散步的人”。达尔文后来说，亨斯洛的友谊给予他全部事业最重大的影响。塞治威克通过传授野外考古知识，大大开拓了达尔文的学术视野。这位老人从岩石中阅读地球历史的能力给达尔文留下深刻的印象。通过聆听塞治威克的讲授，达尔文忽然以全新的方式看待科学。他认识到，一名科学家，不应该只是记录事实，更应当寻求隐藏其后的规律模式。在与塞治威克一起的一次野外考察中，达尔文写道，“尽管我阅读过各种各样的科学专著，但什么也没有像他一样使我透彻的认识到，科学应当是通过对事实的分析、整理，从中得出结论或者归纳出普遍的规律。”
植物学家约翰·史蒂文斯亨斯洛。他和达尔文共同享受的乡间散步，帮助达尔文奠定了一生科学事业的基础。
1831年1月，毕业考试如期举行。在此之前，长达数周的苦读和不安使达尔文痛苦不堪。成绩公布时，他出人意料地在178名学生中名列第十。学位到手，达尔文喜出望外，和塞治威克去威尔士进行了一次地质考察之后，回到芒特宅与父亲和姐妹们共同度过了这个惬意迷人的夏天。
二十二岁的达尔文身体健壮，精力充沛，身高将近六英尺。饱满高高的额头下，一双深邃的棕褐色眼睛炯炯有神。浅棕色的头发短而细，但一脸又长又浓密的络腮胡子极有魁力。一切仿佛都顺理成章，这个友善随和的年轻人，即将享受乡村牧师平静安逸的生活。然而，1831年8月29日，一封来信彻底改变了他的生命历程。
补充材料：物种灭绝
一株植物枯萎，一只动物死亡，有时并不仅仅意味着单个生命有机体的消失，也许凑巧是整个此类物种的灭绝。1987年6月6日，最后一只黑海雀死去后，这种南美洲特有的雀科鸣鸟就此灭绝——在地球上永远永远地消失了。
物种不复存在的想法由于与神学相悖，致使许多人难以接受。但早在十八世纪末以前，博物学家们开始一致同意，在地球历史上，物种灭绝曾经多次出现。灭绝的走兽，特别是那些一度在地球上四处游荡的恐龙和其它庞大的野兽。它们遗留的化石使人们张口结舌、目瞪口呆。达尔文在南美洲发掘出几个“灭绝怪物”的化石。他在《物种起源》写道：“我想恐怕再也也没有人比我对物种灭绝更加惊奇了。”
目前，科学家认为，物种灭绝一直是生命进程中的一部分。芝加哥大学古生物学家大卫·劳普DavidM。Raup估计。以往存活物种的百分之九十九现在已经灭绝。二十世纪八十年代，劳普和同事杰克·塞普科普斯基（JackSepkoski）详细深入地研究化石记录后，公布了对物种灭绝“背景”比率的研究结果，即有机体在地球生命史中灭绝的正常比例。化石记录表明，物种至少经历了五次大消亡或者大灭绝。从地质学角度来看，在极短的时间内。灭绝的比例急剧地上升。根据劳普的研究，规模最大的物种灭绝发生在大约2。25…2。45亿年似前，消亡的物种竟占存活物种的百分之九十六之多。所有物种的四分之三，包括最后一代恐龙，在0。65亿年前的大灭绝中消失。
对于这些大灭绝、科学家们提出了许多理论。有些科学家认为，起因是当大陆板块从热带向极地漂移时，全球气候发生的变化。还有一些科学家宣称。大规模的小行星群或者彗星群与地球相撞，产生世界范围的尘云，遮住了阳光。致使气温下降，导致了物种大灭绝。地质学家和古鸟类学家仍然在为这些和其它一些理论找证据。
物种灭绝和物种进化关系密切。达尔文发现，关于物种和生命形式更替阶段之间的关系，灭绝物种的化石是绝妙的解释。达尔文还意识到，新物种的产生与现存物种的消亡密切相关。在《物种起源》中他写道：“新物种的出现和旧物种的消失……紧密地联系在一起。”关于物种灭绝以及它在物种形式（新物种的形成）中的作用，进化论生物学家不断提供全新的思想。富有影响的思想之一来自哈佛大学的斯蒂芬·杰伊·古尔德（StephenJayGould）和美国自然历史博物馆的奈尔斯·埃尔德雷德（NilesEldredge）。他们的断续性平衡理论认为，物种进化过程中，每隔一段较长时期的稳定，就会有短期的急剧变化；其时某些物种灭绝，某些新物种出现。也就是说，在大约几百万年的时间里，一定数量的物种灭绝后，剧变就会发生，物种灭绝为新物种提供足够的进化空间。
地球正处于另一次物种大消亡中，小行星绝不是此次灭绝的原因。目前的大灭绝是非常完善的物种——智人（现代人的学名）活动的结果。由于生境破坏破坏、环境污染、现代工业的恶果、迅速的人口增长，致使每天都有几十种动植物灭绝。也许在随之而来的几百万年内，物种大灭绝为新物种的发展提供了余地。但是，正如达尔文所言，一个物种消逝后将决不再现”。今天的植物、昆虫等动物一旦灭绝，将永远