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南宋时期，陈言在其《三因极一病证方论》中针对年干和年支详细而具体地开出了治疗五运太过不及和六气司天所致病证的十六首方剂。这是将运气学说的治疗原则具体落实到方药上，继《元和纪用经》之后进一步发展了运气治疗学说。
宋代运气学说的另一特点是强调运气有常有变。最先明确提出运气的常变之辨者为北宋科学家沈括。
所谓“常”是指经常性的、规律性的变化，“变”为异常的、特异性的变化。沈括认为气候及其病候的出现有常有变，运气所决定的是规律性的气候病候，而在其之外还有特异性的变化；因此在应用运气学说时就不能胶执于定法，不知变通。而应结合其时其地的具体气候病候来加以判断，《圣济总录。运气》也承认运气有常变之别，运气理论格局反映的是其常——“定期之纪”；由于种种原因，运气也有变异；对于变异的情况，就不可拘泥于常理。
提出运气有常有变是为了告诫人们要灵活应用运气学说，将运气理论格局与具体时间地域的气候情况相结合，知常达变。这种主张在后世得到了广泛的响应。
两宋时期药物学方剂的发展
一、宋代药物学发展的成就与特点
宋代，特别是北宋，由于政府的关注与重视，造纸术和印刷术的进步与推广，大批知医儒臣的参与，以及宋以前本草文献极待整理，药物的新发现和用药新经验亟需总结的客观要求等等内外因素，促使本草的研究和编纂工作空前繁荣，先后问世的多种本草学著作及药学事业的发达，是我国的药物学发展到新的高度鲜明标志。
1、药性理论的新发展：“药理”一词首见于《圣济经》。这一时期解释药效的主要方式和依据是“性味”和“法象”。《本草衍义》、《圣济经》对药物“气臭”进一步发挥，创立“气臭学说”，沈括、寇宗姡А⑶业炔咳鲜兜揭┪镒饔貌课痪哂幸欢ㄑ≡裥裕怨榫砺垡芽继剿鳌�
2、药品种数的增加及鉴别：现在可知宋人各种药物著作收药达1883种，较唐代《新修本草》增加了1033种，宋代新增加的药品299钟；大多为常用药，如秋石、樟脑、银杏、炉甘百、胡萝卜、曼陀罗等。药材的鉴别和药物基原的实际调查是宋代本草著作的重要内容，两宋留存下了1000余幅药物写生图；沈括、郑樵、初虞世、陈衍、范成大等都对药物名实问题进行了文献整理或实地考察。
3、采集和栽培技术提高：沈括指出采集不可限于时月，要根据药用部位、地区、气候、种植条件等不同区别对待，宋代常用药物栽培品种不下70种，种植面积大、产量高，这与将药物作为重要经济作物进行栽培有关。一些外来药物也开始引种。
4、炮制和制刑方法趋于定型：宋代药品的炮制加工和药物剂型，已在继承前人经验的基础上。渐趋完善和初步定型，《和剂同方》中炮炙方法较雷敩的《炮炙论》要丰富优越得多。从《和剂局方》起，将中药饮片的炮灸方法列为法定制药规范。直至现在，很多都以局方为依据。
5、药市和药肆进一步繁荣：宋代商业、手工业的发达，医药进一步分工官办和剂局和民间药坊的增多，大大推进了制剂和成药的发展。除官办药局外，民间药商亦很活跃。宋代的大都市中多没有专门定期的大宗药物交易市场——药市。如梓州（今四川三台县）的药市从每年九月初九至九月十一日，名重阳药市。固定地点的药铺在大都市也非常之多，如北宋汴梁（今开封）著名的药铺就有“百种园药铺”、等等。
二、综合性大型本草著作
宋代的综合性本草著作中，既有由政府主持集中大量人力物力所编纂，也有民间医家个人不辞劳苦博览群书、观察实践修撰而成册，政府主持编纂者由国家颁布，具有类似于药典的性质；而个人著作不仅是对药典的补充，甚至成为再修药典的蓝本，在两宋300余年间，由政府主持修纂、国家颁布的本草著作就有5种之多，这是任何朝代不能与之相比的。
（一）《开宝本草》：
开宝六年（973），宋太祖即诏令修纂本草。由尚药奉御刘翰、道士马志、翰林医官翟煦、张素、王从蕴、吴复生、王光宪、陈昭遇、安自良等9人，取《新修本草》为蓝本进行修订，并采摭陈藏器《本草拾遗》等书相互参证，订正错讹，补充遗漏，再由马志统一作出注解。最后由左司员外郎知制浩扈蒙、翰林学士卢多逊等详加刊定成书20卷，命名为《开宝新详定本草》。宋太祖为之作序，由国子监镂板刊行，这是宋代第一部官修的药典性本草著作，也是我国乃至世界上第一部板刻印刷的药物学书籍。
由于《开宝新详定本草》修纂仓促，质量不能尽如人意。次年，宋太祖再次诏命刘翰马志等人重新修订。这次修订对原书“颇有增损”。最后由园林学士李昉、知制诰王祐、扈蒙等重加校勘，成书后全书合目录共21卷，命名为《开宝重定之本草》又简称《开宝本草》（《开宝本草》实际上包括《开宝本草》和《开宝重定本草》二书，现多指后者）。全书共收载药物984种，其中新增药134种，它对时过300余年的唐《新修本草》在编纂和传抄中出现的谬误进行了修订。《开宝本草》还重视吸收其它本草著作的精华，在新增的134种药物中，近百种都是从前代诸本草著作中筛选而来，如蛤蚧出自《雷公炮灸论》，仙茅出自《海药本草》。
《开宝本草》编纂者成功地制定了严谨的体例，这一体例为宋代其它官修本草著作所继承。首先是首次采用黑白字来代替朱墨分书，《开宝本草》之前的本草著作为《神农本草经》内容用朱笔抄写。《名医别录》用墨笔抄写，年久多易混淆；《开宝本草》改《神农本草经》为白字（阴文），其它为黑字（阳文），清晰醒目。其次，用不同简称标明文字出处：如以“唐附”表示《新修本草》新增药，以“今附”表示《开宝本草》新增药，以“陶隐居”为《本草经集注》注文，以“唐本注”为《新修本草》注。而《开宝本草》编纂者，根据文献资料所作的注文，则冠以“今按”，根据当时药物知识作的注文冠以“今注”。这一体例规定，为保存古本草文献作出了重大贡献，其严谨求实之风足堪称道。
（二）《嘉祐本草》和《图经本草》：
时隔八十年之后，随着药物学的发展，《开宝本草》已落后于时代，“本草旧本经注中，载注药物功状，甚有蔬略不备处。”嘉祐二年（1057）校正医书局，成立伊始最早承担的任务就是校修《开宝本草》，主要参与者有太常少卿直集贤院掌禹锡、职方员外郎秘阁校理林亿、殿中亟秘阁校理张洞、殿中亟馆阁校理苏颂、医官秦宗右、朱有章、太子今舍陈检等。最后由光禄寺丞高保衡负责审校。历时三年，于嘉祐五年（1060）八月书成，命名为《嘉祐补注神农本草》，简称《嘉祐本草》。在该书编纂过程中掌禹锡等又奏请仿唐故事，编纂《图经本草》得到诏准，二书同时编修而各有分工。《嘉祐本草》在《开宝本草）基础上拾遗补阙，仿《新修本草图经》辨别诸药。为了编绘《图经本革》宋仁宗敕令全国各郡县进献药物标本，举凡药物根、茎、苗、叶、花、实之形色大小，并虫、鸟、兽、玉石等等堪入药者，逐件画图，且一一注明开花、结实、收采时间，以及功效等等。
至于进口药物，即询问市舶药商，并取药物各一二两，或一二枚封角送至京城，以作编绘注解之凭据。这是继唐代之后又一次全国范围内所进行的规模浩大的药物普查。将搜集到的涉及150多个州郡所产药物和外来药物的标本、实物图形及文字说明，分类甄别编次整理，历时三年，于嘉祐六年（1061）撰成图文并茂的《图经本草》一书。因考虑到“出异手则其体不一”故《图经本草》实际上是由苏颂一人执笔完成的。《嘉祐本草》20卷，目录1卷，收载药物1082种，其中新补82种，新定17种。在编纂过程中，掌禹锡等参考了大量文献资科，引文涉及书籍达50余种，大大超过了《开宝本草》。除继承《开宝本草》旧有体例外，掌禹锡等把自家从历代文献中摘录补入该书者标为“新补”，把民间采集到的新药物标为“新定”，由掌禹锡等自家注说的内容则冠之以“臣禹锡等谨按”。《嘉祐本草》新增内容多为《开宝本草》的遗漏部分或历代本草编修中的某些问题的讨论，而缺少药性理论方面的阐发，这与校正医书局以校勘补遗为宗旨的原则是一致的。《图经本草》20卷，共载药物780，并在635种药名之下绘制了933幅药图，这是我国第一部板刻印刷的药物图谱，该书还详细介绍了药物的产地、形态、性味、功效等，并记载了大量临床经验，其中尤其注重当时异间及民族他帮的用药经验。《嘉祐本草》与《图经本草》二书相辅相成，互为补充，把宋代本草研究推向一个新的高度。
（三）《重广补注神农本草并图经》和《经史证类备急本草》：
在《嘉祐本草》之后，宋代药学史上出现了两部重要的由民间医生编撰的综合性本草，一是陈承的《重广补注神农本草并图经》；一是唐慎微的《经史证类备急本草》。把《嘉祐本草》与《图经本草》二书原有资料合并，增加自己收集的内容。
（四）《大观本草》与《政和本草》：
《证类本草》问世不久，北宋先后出现了两个重要版本，一为《大观本草》，一为《政和本草》，唐慎微书成之后，或因为无资刊行，“其书不传，世罕百焉。”大观初年，集贤院学士孙觌见到《证类本草》一书，颇为喜爱，命所属官员校正，由通仕郎行仁和县尉管勾学事艾晟作序，然后出资募集刻工镂板刊行，以求“其利于世也。”因首刊于大观二年（1108），被后世称为《经史证类大观本草》，简称《大观本草》。《大观本草）中收录了陈承的《重广补注神农本草并图经》有关内容，并冠以“别说”以为标记。《大现本草》问世不久宋徽宗十分赞赏，并敕命医官曹孝忠领衔校勘，曹孝忠等人刊正。于政和六年（1116）成书，命名为《政和新修经史证类备用本草》，简称《政和本草》，这以北宋最后一部官修本草著作，它不同于开宝、嘉祐时的官修本草著作以前次官修本为基础，而是在纯由民间医家个人著作基础上校订而成。它虽源于唐慎微个人之作，但经政府校订颁行，就具有了药典性质。
（五）《绍兴本草》：
宋朝南迁，高宗绍兴年间，由王继先领衔、张孝直、柴源、高绍功等奉诏重修本草，以《大观本草》为底本，进行整理校勘。绍兴27年（1157）8月25日上于朝廷，由秘书省润色，国子监刊行，绍兴29年为该书刊行时间。书成，命名为《绍兴校定经史证类备急本草》，简称《绍兴本草》，是为南宋唯一的也是宋代最后一部药典性本草著作。该书为32卷，释言1卷，共载药物1748种，新添6种，如炉甘石、锡蔺脂、豌豆、胡萝卜、香菜、银杏等即为《绍兴本草》新增药物，该书虽不如《嘉祐本草》等以文献校正见长，但能根据临床实践和实际观察补充更正，亦颇有见地。此外，该书还明显具有了注重药性理论的趋�